Η Σχολή Γεωπονίας, Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος διοικείται από τα όργανα της, με βάση τις διατάξεις του άρθρου 9 του Ν. 4009/2011 (όπως τροποποιήθηκαν και ισχύουν από το Ν. 4076/2012 και το Ν. 4115/2013). Τα όργανα της Κοσμητείας είναι: Ο Κοσμήτορας, η Κοσμητεία και η Γενική Συνέλευση.