Το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το 1925 με το ΠΔ. Ν. 3341/1925. Το 1954, με το άρθρ. 7 Ν. 3108/1954, μετονομάστηκε σε «Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης». Τα δύο Τμήματα της Σχολής μας, είναι από τα πρώτα που λειτούργησαν στο ΑΠΘ και έχουν ιστορία περίπου 90 ετών.

Συγκεκριμένα, το Τμήμα Γεωπονίας λειτούργησε για πρώτη φορά το 1928 και το Τμήμα Δασολογίας το 1917 στην Αθήνα και το 1927 μεταφέρθηκε στη Θεσσαλονίκη. Το 1937 τα δύο Τμήματα αποτέλεσαν τη Γεωπονική και Δασολογική Σχολή, η οποία λειτούργησε μέχρι το 1981. Το 1982 ιδρύθηκε η Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών που αποτελούνταν από τα Τμήματα Γεωπονίας, Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος και Κτηνιατρικής. Η Σχολή αυτή πρακτικά δεν λειτούργησε και καταργήθηκε το 2004.

Το 2005, τα δύο Τμήματα με απόφαση της Συγκλήτου του ΑΠΘ  αναγνωρίστηκαν ως Σχολές (Γεωπονική Σχολή και Σχολή Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος) οι οποίες όμως δεν αναγνωρίστηκαν από το Υπουργείο Παιδείας. Το 2013 με το Σχέδιο ΑΘΗΝΑ, δημιουργήθηκαν 4 νέες Σχολές στο ΑΠΘ, μία εκ των οποίων είναι η Σχολή Γεωπονίας, Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος (ΠΔ 98/2013, ΦΕΚ 134/5-6-13 τΆ) με δύο Τμήματα (Τμήμα Γεωπονίας και Τμήμα Δασολογίας και Φυσικού Περιβάλλοντος).